簡并引物是指代表編碼單個(gè)氨基酸所有不同堿基序列可能性引物的混合物。PCR為了增加特異性，可以參考密碼子使用表，根據(jù)不同生物的堿基使用偏好，減少簡并性。簡并度越低，產(chǎn)物特異性越強(qiáng)，設(shè)計(jì)引物時(shí)應(yīng)盡量選擇簡并性小的氨基酸，并避免引物3’末端簡并。氨基酸 密碼子數(shù) M、W 1 個(gè)；C、D、E、F、H、K、N、Q、Y 2個(gè)； I 3個(gè)； A、G、P、T、V 4個(gè)； L、R、S 6個(gè)
為什么要設(shè)計(jì)簡并引物？
簡并引物通俗的講是不完全相同的引物序列的混合物。使用簡并引物是為了增強(qiáng)引物的通用性，即不同DNA序列的目的基因都可以用這種引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增。其定義是為了獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設(shè)計(jì)方案，特點(diǎn)是所設(shè)計(jì)的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個(gè)或兩個(gè)以上不同的堿基，結(jié)果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物。設(shè)計(jì)原則是把代表編碼單個(gè)氨基酸所有不同堿基可能性的不同序列等比例混合。反之，如果為了增加特異性，可以參考密碼子使用表，根據(jù)不同生物的堿基使用偏好，減少簡并性。
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