簡并引物是指代表編碼單個氨基酸所有不同堿基序列可能性引物的混合物。PCR為了增加特異性，可以參考密碼子使用表，根據(jù)不同生物的堿基使用偏好，減少簡并性。簡并度越低，產(chǎn)物特異性越強(qiáng)，設(shè)計引物時應(yīng)盡量選擇簡并性小的氨基酸，并避免引物3’末端簡并。氨基酸 密碼子數(shù) M、W 1 個；C、D、E、F、H、K、N、Q、Y 2個； I 3個； A、G、P、T、V 4個； L、R、S 6個
為什么要設(shè)計簡并引物？
簡并引物通俗的講是不完全相同的引物序列的混合物。使用簡并引物是為了增強(qiáng)引物的通用性，即不同DNA序列的目的基因都可以用這種引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增。其定義是為了獲得序列未完全清楚的核酸的一種引物設(shè)計方案，特點(diǎn)是所設(shè)計的引物序列某位置的核苷酸可以分別是兩個或兩個以上不同的堿基，結(jié)果所合成的引物是該位置上不同序列的混合物。設(shè)計原則是把代表編碼單個氨基酸所有不同堿基可能性的不同序列等比例混合。反之，如果為了增加特異性，可以參考密碼子使用表，根據(jù)不同生物的堿基使用偏好，減少簡并性。
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